* Zaburzenia ekosystemu,
* występują nowe rodzaje protein w roślinach transgenicznych, a także możliwa duża koncentracja endoksyn BT, które mogą powodować alergie oraz inne skutki niepożądane dla zdrowia,
* szkodliwość zmodyfikowanych roślin, które wytwarzają substancje owadobójcze, dla pożytecznych i nieszkodliwych gatunków owadów,
* rozpylanie się w sposób niekontrolowany pyłków roślin zmodyfikowanych na inne uprawy, które w ten sposób zostają zmienione genetycznie, może to stanowić zagrożenie dla upraw ekologicznych,
* GMO powoduje nieodwracalne zmiany w organizmach,
* uwalnianie się do środowiska zmodyfikowanych genetycznie substancji,
* kontrowersyjność GMO w sferze etyki.