Powinieneś zainstalować najpierw Windows, a następnie Linuksa, gdyż w innym wypadku będzie problem z boot menadżerem.
Jeżeli jest to Ubuntu, to proponuję w ogóle zainstalować Windows, a następnie poprzez Wubi zainstalować Ubuntu. W ten sposób nic nie zepsujesz nigdy, bo Ubuntu będzie traktowane jako program w Windows, lecz działanie będzie podobne jak w przypadku zwykłej instalacji (pomijając fakt, że dostaniesz ograniczenie rozmiaru przeznaczonego na Ubuntu do chyba 30GB).
W przypadku, gdy chcesz jednak partycjonować to na pewno nie zrobisz tego, gdy korzystasz z dysku i tych partycji. Tak więc uruchom Ubuntu w trybie Live CD i wtedy bez problemu przy pomocy GParted przeprowadzisz partycjonowanie